Kirkon Ulkomaanavun tärkeimmät työalueet Euroopassa ovat Suomen lähialueet Viro, Venäjän Karjala ja Pietarin alue, sekä Balkan.

Muualla Itä-Euroopassa KUA tukee mm. Kirkkojen maailmanneuvoston, Euroopan Kirkkojen Konferenssin ja Luterilaisen Maailmanliiton ohjelmia. Pienimuotoista yhteistyötä tehdään lisäksi Romanian unkarilaisen luterilaisen kirkon kanssa.

Itä-Euroopan murros sosialismista markkinatalouteen on syventänyt alueen sosiaalisia ongelmia. Köyhyys, syrjäytyminen, rikollisuus ja prostituutio ovat nousseet voimakkaasti esille. Siirtolaisuus ja siihen liittyvä rikollisuus, mm. ihmisten salakuljetus ja naiskauppa, ovat kasvava ongelma. Joidenkin etnisten vähemmistöjen asema on vaikeutunut. Balkanin sodat ovat jättäneet alueen elämän syvän arven. Kirkot tekevät yhdessä työtä näiden kysymysten lieventämiseksi.

Uutena haasteena on HIV/aids, joka leviää nopeimmin maailmassa itäisen Euroopan alueella.

KUA tukee kirkkoja erityisesti työntekijöiden koulutuksessa ja diakoniatyön kehittämisessä. KUA:n tukemissa ohjelmissa korostuvat ekumeenisten yhteyksien rakentaminen ja naisten osallistuminen sekä lasten ja nuorten kysymykset. Balkanin alueen painopisteitä ovat humanitaarinen apu, jälleenrakennustyö sekä rauhan rakentaminen.